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Né le 25 Janvier 1926 à Alexandrie d'un père libanais et d'une mère égyptienne, il effectue son enseignement primaire chez les Frères, puis étudie dans une école anglaise jusqu'au Bac. Après un an à l'université d'Alexandrie, Youssef Chahine quitte l'Egypte en 1947 pour étudier le cinéma près de Los Angeles. Il étudie pendant 2 ans le cinéma et les arts dramatiques au Pasadena PlayHouse. De retour un an plus tard, c'est l'opérateur Alvise Orfanelli «pionnier du cinéma égyptien», qui lui ouvre les portes de la production, et lui permet de réaliser en 1950 son premier film, Papa Amin. Il est alors âgé de 23 ans.
Cinéaste engagé, Youssef Chahine ne cesse de dénoncer la censure et l'intégrisme. Dans L'Aube d'un jour nouveau (1964), il brosse un portrait critique de l'intellectuel dans Le Choix (1970), se voit, la même année, attribuer le Grand Prix (Tanit d'Or) du Festival de Carthage pour l'ensemble de son oeuvre, analyse la société de son pays et critique l'affairisme dans Le Moineau (1973). Très contestataire, le cinéaste fait même un séjour en prison, en 1984, pour diffusion d'un film interdit par la censure.
Ses films sont également l'occasion pour le réalisateur de se pencher sur son passé et de se dévoiler à son public. En 1978, il signe Alexandrie, pourquoi ? (1978), un retour sur sa jeunesse en Egypte qui remporte un Ours d'argent et le Grand Prix du jury au Festival de Berlin.
Quatre ans plus tard, Youssef Chahine réalise La Mémoire (Hadduta misrija - An Egyptian Story) (1982), le premier volet d'une trilogie autobiographique. Alexandrie encore et toujours (Iskanderija, kaman oue kaman) (1989) et Le Destin (Al Massir) (1996) viennent compléter cette trilogie. Ce film est un pamphlet contre le fanatisme d'aujourd'hui et remporte un grand succès. Youssef Chahine réalisateur, scénariste et producteur présente le long-métrage à Cannes en 1997 et obtient le Prix du cinquantième anniversaire pour l'ensemble de son oeuvre.
En 1992, Jacques Lassalle lui propose de mettre en scène une pièce de son choix pour la Comédie Française. Il choisit Caligula d'Albert Camus, et la pièce connaît un immense succès public. En 1994, il tourne L'Emigré (Al Mohager) (1994), une histoire inspirée du récit biblique de Joseph, fils de Jacob. Un projet qu'il rêvait de réaliser depuis les années 50. Son film L'Autre (1998) est sélectionné pour l'ouverture de la section "Un Certain Regard" au Festival de Cannes. En 2001, Youssef Chahine met en scène Silence... on tourne (Skoot hansawwar) (2001), une comédie musicale et sentimentale.
Cinéaste toujours engagé, il réalise un court-métrage pour le film collectif 11'09''01 - September 11 (2002), réflexion sur les attentats du 11 septembre 2001 à New York. En 2006, il a été élevé au grade d'officier de la Légion d'honneur par la France. Critique évidente du régime autocratique en Egypte, son dernier film, Le chaos, co-signé avec Khaled Youssef sort en 2007.
Devenu le plus célèbre cinéaste égyptien, opposé au régime du président Hosni Moubarak comme aux fanatiques, il a toujours dénoncé la censure et l'intégrisme qui, selon lui, n'a cessé de progresser. Chahine très tolérant, humaniste était un intellectuel d'une grande indépendance, Youssef Chahine était un fervent défenseur du mélange des cultures et il disait : « La pensée a des ailes. Nul ne peut arrêter son envol ». Le héros du film Le Destin, Ibn Rushd dit Averroès, philosophe arabe né à Cordoue en 1126, mort en exil à Marrakech en 1198, commentateur d'Aristote, est victime du fanatisme religieux.
« S'il y a un message dans le Destin, c'est celui-là: il faut se lancer dans la bataille. Averroès incarne ce que je prône depuis toujours: I'ouverture vers l'autre » Youssef Chahine, interview à Télérama, 15 octobre 1997.